吉林大学白求恩第二医院眼科中心始创于1936年，其渊源可追溯至伪满新京特别市立医院眼科，后随学校几易其名，历经中国人民解放军第一军医大学附属二院眼科、吉林医科大学附属二院眼科、白求恩医科大学第二临床学院眼科等发展阶段为科室的发展壮大奠定了坚实的基础，也树立了良好的学术氛围。2004年11月在原有眼科基础上成立了眼科医院，现已成为集医疗、教学、科研、预防及保健为一体的区域领先、国内先进的现代化大型眼科中心。1998年成为吉林省首个眼科学博士学位授权点，目前是吉林省重点学科、吉林省临床重点专科、吉林大学重点学科，为吉林省眼科继续医学教育基地、吉林省眼科重点实验室、吉林省眼科质量控制中心、吉林省眼病防治中心、吉林大学眼科中心所在地。